Considerado como uno de los mejores atletas españoles de todos los tiempos, en su amplio palmarés se deben destacar dos medallas Olímpicas, una de oro lograda en los 1.500 metros en los Juegos Olímpicos de Barcelona en 1992 y otra de plata en la misma prueba de los Juegos de Atlanta en 1996. En los Campeonatos del Mundo, obtuvo dos importantes subcampeonatos en los años 1993 y 1997. En pista cubierta destacan las medallas de plata en el Campeonato del Mundo celebrado en Sevilla en 1991 y en el Campeonato de Europa de 1990 en Glasgow.
Su mejor marca en 1500 metros de 3:28.95, conseguida el 13 de agosto de 1997 en Zúrich, continua siendo récord de España y de Europa.

Posee la plusmarca española de 20 km marcha con 1:17:22 h., establecido en 2002, que en su día también fue plusmarca mundial. Tambien ha sido campeón de España de 20 km marcha desde 1998 a 2004.
Comenzó en el mundo del atletismo en su ciudad natal con 10 años, en una escuela de atletismo de Guadix.La primera beca deportiva que obtuvo fue con 17 años y recibía 220.000 pesetas anuales cuando competía representando al Chapín de Jerez. Un año después consiguió ganar todos los campeonatos de España en los que participó y consiguió ser campeón de Europa Junior.Ha participado en tres Juegos Olímpicos en su prueba de 20 km marcha, siendo 7° en Sidney 2000, medalla de plata en Atenas 2004 y 7º en Pekín 2008.La medalla de plata conseguida en los campeonatos del mundo de atletismo de 2007, en Osaka, le convirtió en el atleta español con mayor número de medallas en campeonatos internacionales de la historia, con un total de siete. Dicha medalla fue conseguida después de un recurso presentado, ya que los jueces de la prueba descalificaron a Paquillo por una supuesta irregularidad, posteriormente demostrada como inexistente. Ha ganado 2 veces la Copa del Mundo de Marcha en la distancia de 20 km.